A Escola SENAI "Shunji Nishimura" foi fundada por meio de uma parceria entre o SENAI, Serviço Nacional de Aprendizagem Industrial,  e Fundação Shunji Nishimura de Tecnologia,  mantenedora do antigo Colégio Técnico Agrícola de Pompéia e da antiga Escola Profissionalizante "Chieko Nishimura".

O Colégio Técnico Agrícola, instalado numa área de 35 alqueires, tinha por objetivo preparar jovens para atuar no mercado agrícola. Ao longo dos anos, o Colégio Técnico Agrícola formou jovens brasileiros e estrangeiros com um curso de duração de três anos em regime de internato, realizando estágio em diversos estados do Brasil e no exterior.

Vários convênios foram firmados com a instituição para o aprimoramento da prática educativa, em 1985, com a ESALQ – Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz de Piracicaba; em 1986, com a UNESP – Universidade Estadual Paulista de Botucatu; em 1991, com o ITAL – Instituto Tecnológico de Alimentos de Campinas.

Em 23 de Abril de 2009 é assinado o convênio de cooperação técnica e outras avenças e em 03 de Agosto de 2009, a Escola SENAI "Shunji Nishimura" inicia suas atividades. O SENAI-SP decide, então, homenagear  Shunji Nishimura, fundador das Máquinas Agrícolas Jacto S/A, uma das mais importantes empresas de mecanização agrícola do Brasil e da Fundação Shunji Nishimura de Tecnologia cujos alicerces desta, como se sabe, são orientação aos jovens para o mercado de trabalho e sua formação integral como homem, incorporando o seu nome como patrono deste Centro de Formação Profissional (CFP 9.28).

A escola possuía, inicialmente, 96 alunos em 4 turmas de Cursos Técnicos, distribuídos em 2 turmas de Mecânica e 2 turmas de Eletroeletrônica com 24 alunos cada. Em 20 de Janeiro de 2011, disponibiliza vagas para os Cursos de Aprendizagem Industrial, são 24 vagas para mecânico de usinagem e 32 vagas para Soldador. Em 24 de Março de 2011 é assinado o convênio de cooperação técnica e outras avenças incorporando a Escola Profissionalizante "Chieko Nishimura" à Escola SENAI "Shunji Nishimura".

Em 10 de maio de 2013 a escola foi inaugurada na cidade de Pompeia contando com a presença do presidente da Federação das Indústrias do Estado de São Paulo (FIESP) e do Serviço Nacional de Aprendizagem Industrial de São Paulo (SENAI-SP), Paulo Skaf,  que anunciou a criação do curso de “Aprendizagem Industrial de Operador em Processos de Transformação em Polímeros. Então no mês de julho de 2013 a escola implanta o curso, o primeiro do gênero da rede SENAI-SP com vagas para 48 alunos distribuidos em 2 turmas, uma oportunidade de qualificação e de ingressar no mercado de trabalho na área de plástico.